Access present and absent terms from the Plant Phenology Ontology
Arguments
- present
(boolean) If TRUE then return all "present" phenological stages
- absent
(boolean) IF TRUE then return all "absent" phenological stages.
Details
The ppo_terms function returns terms from the Plant Phenology Ontology (PPO).
The termID or label column can be used to query the `termID` or
`mapped_traits` to ppo_data. The label and description
columns are useful in determining the trait to query on. The URI column
contains a link to the term itself which is useful for determining superclass
and subclass relationships for each term.
Examples
presentTerms <- ppo_terms(present = TRUE)
#> sending request for data ...
#> https://biscicol.org/api/v1/ppo/present/
#> The server encountered an issue processing your
#> request and returned status code = 502 . If the problem persists contact the author.
absentTerms <- ppo_terms(absent = TRUE)
#> sending request for data ...
#> https://biscicol.org/api/v1/ppo/absent/
#> The server encountered an issue processing your
#> request and returned status code = 502 . If the problem persists contact the author.
allTerms <- ppo_terms(present = TRUE, absent = TRUE)
#> sending request for data ...
#> https://biscicol.org/api/v1/ppo/all/
#> The server encountered an issue processing your
#> request and returned status code = 502 . If the problem persists contact the author.
fruitTerms <- grep("fruit", ppo_filters$mapped_traits$label, value = TRUE)
ppo_data(genus = c( "Pinus", "Quercus"),
specificEpithet = "palustris",
mapped_traits = fruitTerms,
fromYear = 2016, toYear = 2017)
#> sending request for data ...
#> https://biscicol.org/api/v3/download/_search?q=+genus:("Pinus","Quercus")++AND+++specificEpithet:palustris++AND+++year:>=2016++AND+++year:<=2017++AND+++mapped_traits:("abscised+fruits+or+seeds+absent","abscised+fruits+or+seeds+present","fruits+present","ripe+fruits+absent","ripe+fruits+present","ripening+fruits+absent","ripening+fruits+present","unripe+fruits+absent")&limit=100000
#> $data
#> dayOfYear year genus specificEpithet eventRemarks latitude
#> 1 310 2016 Quercus palustris Ripe fruits 38.98224
#> 2 336 2016 Quercus palustris Ripe fruits 38.98224
#> 3 276 2016 Quercus palustris Ripe fruits 38.98162
#> 4 319 2016 Quercus palustris Ripe fruits 38.98162
#> 5 300 2016 Quercus palustris Ripe fruits 38.98224
#> 6 283 2016 Quercus palustris Ripe fruits 38.98162
#> 7 341 2016 Quercus palustris Ripe fruits 38.98224
#> 8 290 2016 Quercus palustris Ripe fruits 38.98224
#> 9 293 2016 Quercus palustris Ripe fruits 38.90476
#> 10 318 2016 Quercus palustris Ripe fruits 38.98224
#> 11 268 2016 Quercus palustris Ripe fruits 44.98270
#> 12 288 2016 Quercus palustris Ripe fruits 39.04575
#> 13 281 2016 Quercus palustris Ripe fruits 38.98970
#> 14 281 2016 Quercus palustris Ripe fruits 39.04575
#> 15 288 2016 Quercus palustris Ripe fruits 38.98970
#> 16 243 2017 Quercus palustris Ripe fruits 44.88106
#> 17 236 2017 Quercus palustris Ripe fruits 44.88106
#> 18 156 2016 Quercus palustris Ripe fruits 44.88106
#> 19 306 2017 Quercus palustris Ripe fruits 38.94168
#> 20 306 2017 Quercus palustris Ripe fruits 38.94168
#> 21 306 2017 Quercus palustris Ripe fruits 38.94168
#> 22 261 2017 Quercus palustris Ripe fruits 41.81405
#> 23 271 2017 Quercus palustris Ripe fruits 41.81405
#> 24 261 2017 Quercus palustris Ripe fruits 41.81405
#> 25 261 2017 Quercus palustris Ripe fruits 41.81405
#> 26 271 2017 Quercus palustris Ripe fruits 41.81405
#> 27 271 2017 Quercus palustris Ripe fruits 41.81405
#> 28 272 2017 Quercus palustris Ripe fruits 40.86612
#> 29 315 2016 Quercus palustris Ripe fruits 40.86612
#> 30 261 2017 Quercus palustris Ripe fruits 40.86612
#> 31 301 2016 Quercus palustris Ripe fruits 40.86612
#> 32 90 2016 Quercus palustris Fruits 44.98048
#> 33 339 2016 Quercus palustris Fruits 38.98162
#> 34 274 2016 Quercus palustris Fruits 38.99864
#> 35 284 2016 Quercus palustris Fruits 38.99864
#> 36 332 2016 Quercus palustris Fruits 38.98162
#> 37 280 2016 Quercus palustris Fruits 38.99864
#> 38 82 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 39 298 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 40 75 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 41 275 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 42 281 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 43 89 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 44 132 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 45 85 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 46 303 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 47 125 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 48 67 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 49 129 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 50 310 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 51 102 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 52 296 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 53 110 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 54 120 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 55 83 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 56 133 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 57 106 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 58 117 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 59 64 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 60 135 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 61 98 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 62 288 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 63 70 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 64 139 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 65 58 2017 Quercus palustris Fruits 41.04180
#> 66 154 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 67 70 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 68 106 2017 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 69 92 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 70 286 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 71 216 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 72 216 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 73 80 2017 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 74 175 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 75 109 2017 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 76 139 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 77 102 2017 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 78 123 2017 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 79 132 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 80 84 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 81 226 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 82 111 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 83 265 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 84 202 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 85 162 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 86 251 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 87 95 2017 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 88 244 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 89 209 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 90 169 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 91 270 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 92 137 2017 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 93 146 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 94 118 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 95 105 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 96 188 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 97 92 2017 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 98 182 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 99 93 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 100 77 2016 Quercus palustris Fruits 40.86033
#> 101 90 2016 Quercus palustris Fruits 44.98048
#> 102 284 2016 Quercus palustris Fruits 38.99263
#> 103 319 2016 Quercus palustris Fruits 38.99263
#> 104 306 2016 Quercus palustris Fruits 38.99263
#> 105 341 2016 Quercus palustris Fruits 38.99263
#> 106 307 2016 Quercus palustris Fruits 38.99263
#> 107 94 2016 Quercus palustris Fruits 33.42577
#> 108 74 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 109 130 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 110 251 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 111 258 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 112 314 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 113 109 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 114 113 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 115 265 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 116 104 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 117 292 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 118 120 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 119 265 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 120 146 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 121 258 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 122 106 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 123 123 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 124 97 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 125 286 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 126 308 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 127 273 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 128 279 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 129 90 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 130 306 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 131 133 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 132 102 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 133 142 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 134 107 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 135 116 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 136 273 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 137 299 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 138 321 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 139 81 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 140 89 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 141 76 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 142 315 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 143 148 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 144 95 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 145 75 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 146 75 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 147 100 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 148 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 149 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 150 53 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 151 95 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 152 122 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 153 74 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 154 118 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 155 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 156 66 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 157 100 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 158 114 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 159 98 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 160 79 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 161 79 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 162 61 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 163 101 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 164 119 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 165 70 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 166 130 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 167 125 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 168 130 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 169 103 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 170 95 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 171 59 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 172 70 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 173 108 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 174 125 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 175 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 176 109 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 177 119 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 178 98 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 179 108 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 180 58 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 181 66 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 182 62 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 183 80 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 184 122 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 185 72 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 186 72 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 187 103 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 188 80 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 189 114 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 190 58 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 191 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 192 61 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 193 72 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 194 93 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 195 53 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 196 62 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 197 100 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 198 107 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 199 59 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 200 80 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 201 54 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 202 109 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 203 137 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 204 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 205 61 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 206 95 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 207 68 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 208 79 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 209 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 210 61 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 211 60 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 212 80 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 213 95 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 214 107 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 215 65 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 216 51 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 217 65 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 218 101 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 219 137 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 220 118 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 221 51 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 222 93 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 223 60 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 224 74 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 225 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 226 100 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 227 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 228 79 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 229 72 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 230 59 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 231 107 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 232 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 233 107 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 234 59 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 235 54 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 236 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 237 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 238 68 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 239 59 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 240 54 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 241 59 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 242 290 2016 Quercus palustris Fruits 41.71654
#> 243 262 2016 Quercus palustris Fruits 37.22263
#> 244 269 2016 Quercus palustris Fruits 37.22263
#> 245 265 2016 Quercus palustris Fruits 37.22263
#> 246 75 2017 Quercus palustris Fruits 41.81405
#> 247 177 2017 Quercus palustris Fruits 41.81405
#> 248 93 2017 Quercus palustris Fruits 41.81405
#> 249 75 2017 Quercus palustris Fruits 41.81405
#> 250 150 2017 Quercus palustris Fruits 41.81405
#> 251 100 2017 Quercus palustris Fruits 41.81405
#> 252 86 2017 Quercus palustris Fruits 41.81405
#> 253 121 2017 Quercus palustris Fruits 41.81405
#> 254 107 2017 Quercus palustris Fruits 41.81405
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