Access present and absent terms from the Plant Phenology Ontology
Arguments
- present
(boolean) If TRUE then return all "present" phenological stages
- absent
(boolean) IF TRUE then return all "absent" phenological stages.
Details
The ppo_terms function returns terms from the Plant Phenology Ontology (PPO).
The termID or label column can be used to query the `termID` or
`mapped_traits` to ppo_data. The label and description
columns are useful in determining the trait to query on. The URI column
contains a link to the term itself which is useful for determining superclass
and subclass relationships for each term.
Examples
presentTerms <- ppo_terms(present = TRUE)
#> sending request for data ...
#> https://biscicol.org/api/v1/ppo/present/
#> No encoding supplied: defaulting to UTF-8.
absentTerms <- ppo_terms(absent = TRUE)
#> sending request for data ...
#> https://biscicol.org/api/v1/ppo/absent/
#> No encoding supplied: defaulting to UTF-8.
allTerms <- ppo_terms(present = TRUE, absent = TRUE)
#> sending request for data ...
#> https://biscicol.org/api/v1/ppo/all/
#> No encoding supplied: defaulting to UTF-8.
fruitTerms <- grep("fruit", ppo_filters$mapped_traits$label, value = TRUE)
ppo_data(genus = c( "Pinus", "Quercus"),
specificEpithet = "palustris",
mapped_traits = fruitTerms,
fromYear = 2016, toYear = 2017)
#> sending request for data ...
#> https://biscicol.org/api/v3/download/_search?q=+genus:("Pinus","Quercus")++AND+++specificEpithet:palustris++AND+++year:>=2016++AND+++year:<=2017++AND+++mapped_traits:("abscised+fruits+or+seeds+absent","abscised+fruits+or+seeds+present","fruits+present","ripe+fruits+absent","ripe+fruits+present","ripening+fruits+absent","ripening+fruits+present","unripe+fruits+absent")++AND+++source:USA-NPN&limit=100000
#> $data
#> dayOfYear year genus specificEpithet eventRemarks latitude
#> 1 303 2017 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 2 75 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 3 75 2017 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 4 120 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 5 67 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 6 315 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 7 130 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 8 64 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 9 76 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 10 129 2017 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 11 112 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 12 85 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 13 88 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 14 109 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 15 55 2017 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 16 71 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 17 103 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 18 277 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 19 124 2017 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 20 82 2016 Quercus palustris Fruits 44.92497
#> 21 60 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 22 111 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 23 116 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 24 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 25 114 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 26 54 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 27 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 28 59 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 29 80 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 30 101 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 31 108 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 32 130 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 33 58 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 34 54 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 35 137 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 36 72 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 37 125 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 38 107 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 39 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 40 79 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 41 72 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 42 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 43 75 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 44 114 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 45 79 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 46 74 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 47 62 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 48 93 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 49 65 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 50 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 51 80 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 52 51 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 53 108 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 54 68 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 55 122 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 56 61 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 57 97 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 58 53 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 59 93 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 60 53 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 61 79 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 62 98 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 63 54 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 64 59 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 65 66 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 66 100 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 67 109 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 68 118 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 69 72 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 70 72 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 71 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 72 95 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 73 95 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 74 101 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 75 107 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 76 103 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 77 61 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 78 70 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 79 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 80 65 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 81 95 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 82 284 2016 Quercus palustris Fruits 38.99864
#> 83 290 2016 Quercus palustris Fruits 38.98308
#> 84 339 2016 Quercus palustris Fruits 38.98162
#> 85 274 2016 Quercus palustris Fruits 38.99864
#> 86 280 2016 Quercus palustris Fruits 38.99864
#> 87 304 2016 Quercus palustris Fruits 38.98308
#> 88 283 2016 Quercus palustris Fruits 38.98308
#> 89 332 2016 Quercus palustris Fruits 38.98162
#> 90 298 2016 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 91 257 2016 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 92 60 2016 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 93 303 2016 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 94 106 2017 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 95 93 2016 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 96 145 2016 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 97 295 2017 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 98 267 2017 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 99 310 2016 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 100 287 2016 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 101 111 2016 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 102 135 2017 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 103 239 2017 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 104 220 2016 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 105 203 2017 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 106 280 2017 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 107 115 2017 Quercus palustris Fruits 39.75843
#> 108 306 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 109 74 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 110 90 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 111 142 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 112 102 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 113 95 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 114 299 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 115 251 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 116 130 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 117 133 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 118 308 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 119 109 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 120 113 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 121 314 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 122 81 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 123 116 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 124 146 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 125 76 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 126 258 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 127 265 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 128 273 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 129 292 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 130 315 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 131 89 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 132 286 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 133 321 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 134 104 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 135 265 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 136 97 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 137 258 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 138 120 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 139 279 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 140 148 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 141 106 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 142 107 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 143 123 2017 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 144 273 2016 Quercus palustris Fruits 44.88106
#> 145 35 2016 Quercus palustris Fruits 39.74773
#> 146 49 2016 Quercus palustris Fruits 39.74773
#> 147 12 2016 Quercus palustris Fruits 39.74773
#> 148 14 2016 Quercus palustris Fruits 39.74773
#> 149 35 2016 Quercus palustris Fruits 39.74773
#> 150 12 2016 Quercus palustris Fruits 39.74773
#> 151 14 2016 Quercus palustris Fruits 39.74773
#> 152 1 2016 Quercus palustris Fruits 39.74773
#> 153 1 2016 Quercus palustris Fruits 39.74773
#> 154 5 2016 Quercus palustris Fruits 39.74773
#> 155 126 2016 Quercus palustris Fruits 39.74773
#> 156 5 2016 Quercus palustris Fruits 39.74773
#> 157 49 2016 Quercus palustris Fruits 39.74773
#> 158 58 2017 Quercus palustris Fruits 41.04180
#> 159 82 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 160 303 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 161 83 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 162 310 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 163 275 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 164 296 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 165 281 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 166 75 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 167 89 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 168 106 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 169 298 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 170 117 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 171 125 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 172 98 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 173 133 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 174 129 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 175 67 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 176 288 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 177 110 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 178 64 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 179 70 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 180 85 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 181 120 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 182 132 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 183 102 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 184 135 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 185 139 2016 Quercus palustris Fruits 44.98270
#> 186 108 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 187 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 188 114 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 189 51 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 190 108 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 191 114 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 192 80 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 193 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 194 79 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 195 54 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 196 66 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 197 74 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 198 80 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 199 79 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 200 59 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 201 80 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 202 58 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 203 79 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 204 66 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 205 130 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 206 72 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 207 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 208 125 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 209 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 210 119 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 211 122 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 212 58 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 213 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 214 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 215 75 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 216 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 217 54 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 218 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 219 68 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 220 109 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 221 122 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 222 60 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 223 61 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 224 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 225 125 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 226 62 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 227 93 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 228 103 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 229 53 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 230 53 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 231 51 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 232 118 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 233 119 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 234 60 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 235 81 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 236 95 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 237 75 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 238 109 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 239 54 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 240 93 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 241 68 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 242 95 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 243 61 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 244 62 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 245 67 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 246 107 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 247 59 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 248 72 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 249 72 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 250 100 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 251 59 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 252 65 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 253 98 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 254 107 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 255 95 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 256 98 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 257 72 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 258 59 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
#> 259 80 2017 Quercus palustris Fruits 39.56032
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