This function access the sqlite database file which is obtained by
running get_db. Basically, the function provides ways to query the
database to the correlation data of the transcription factors of interest.
The function returns an error if the database file cRegulome.db is
not in the working directory.
Arguments
- conn
A connection such as this returned by
dbConnect- tf
A required
charactervector of the transcription factor of interest. These are the HUGO official gene symbols of the genes contains the transcription factor.- study
A
charactervector of The Cancer Genome Atlas (TCGA) study identifiers. To view the available studies in TCGA project, https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/tcga. When left to defaultNULLall available studies will be included.- min_abs_cor
A
numeric, an absolute correlation minimum between 0 and 1 for eachmir.- max_num
An
integer, maximum number offeaturesto show for eachmirin eachstudy.- targets_only
A
logicalwhether restrict the output to the recognized target features.- targets
A
charactervector of gene symbol names.
Value
A tidy data.frame of four columns. tf is the official
gene symbols of the genes contains the transcription factor, feature
is the features/genes, cor is the corresponding expression correlations
and study is TCGA study ID.
Examples
# locate the testset file and connect
fl <- system.file('extdata', 'cRegulome.db', package = 'cRegulome')
conn <- RSQLite::dbConnect(RSQLite::SQLite(), fl)
if (FALSE) {
# get transcription factors correlations in all studies
get_tf(conn,
tf = 'LEF1')
}
# get correlations in a particular study
get_tf(conn,
tf = 'LEF1',
study = 'STES')
#> tf feature cor study
#> 1 LEF1 A2M 0.55 STES
#> 2 LEF1 A4GALT 0.40 STES
#> 3 LEF1 ABCA1 0.44 STES
#> 4 LEF1 ABCA6 0.54 STES
#> 5 LEF1 ABCA8 0.41 STES
#> 6 LEF1 ABCA9 0.48 STES
#> 7 LEF1 ABCB1 0.56 STES
#> 8 LEF1 ABCB4 0.43 STES
#> 9 LEF1 ABCC9 0.54 STES
#> 10 LEF1 ABI3 0.45 STES
#> 11 LEF1 ABI3BP 0.50 STES
#> 12 LEF1 ACSL6 0.39 STES
#> 13 LEF1 ACSS3 0.52 STES
#> 14 LEF1 ACTA2 0.50 STES
#> 15 LEF1 ACVRL1 0.52 STES
#> 16 LEF1 ADAM19 0.56 STES
#> 17 LEF1 ADAM23 0.54 STES
#> 18 LEF1 ADAM33 0.51 STES
#> 19 LEF1 ADAMTS10 0.59 STES
#> 20 LEF1 ADAMTS12 0.39 STES
#> 21 LEF1 ADAMTS14 0.41 STES
#> 22 LEF1 ADAMTS18 0.47 STES
#> 23 LEF1 ADAMTS2 0.43 STES
#> 24 LEF1 ADAMTS3 0.52 STES
#> 25 LEF1 ADAMTS5 0.42 STES
#> 26 LEF1 ADAMTSL1 0.53 STES
#> 27 LEF1 ADAMTSL2 0.51 STES
#> 28 LEF1 ADAMTSL3 0.52 STES
#> 29 LEF1 ADARB1 0.46 STES
#> 30 LEF1 ADC 0.47 STES
#> 31 LEF1 ADCY2 0.54 STES
#> 32 LEF1 ADCY5 0.42 STES
#> 33 LEF1 ADD2 0.49 STES
#> 34 LEF1 ADORA2A 0.43 STES
#> 35 LEF1 ADPRH 0.53 STES
#> 36 LEF1 AEBP1 0.55 STES
#> 37 LEF1 AFAP1 0.39 STES
#> 38 LEF1 AFF3 0.47 STES
#> 39 LEF1 AKAP2 0.47 STES
#> 40 LEF1 AKT3 0.59 STES
#> 41 LEF1 AMOTL1 0.42 STES
#> 42 LEF1 AMPD3 0.39 STES
#> 43 LEF1 AMPH 0.51 STES
#> 44 LEF1 ANGPT1 0.44 STES
#> 45 LEF1 ANGPTL1 0.48 STES
#> 46 LEF1 ANGPTL2 0.48 STES
#> 47 LEF1 ANK2 0.58 STES
#> 48 LEF1 ANKH 0.51 STES
#> 49 LEF1 ANKRD44 0.43 STES
#> 50 LEF1 ANKRD55 0.42 STES
#> 51 LEF1 ANTXR1 0.55 STES
#> 52 LEF1 ANXA6 0.58 STES
#> 53 LEF1 AOAH 0.41 STES
#> 54 LEF1 AOC3 0.54 STES
#> 55 LEF1 AOX1 0.52 STES
#> 56 LEF1 AP1S2 0.51 STES
#> 57 LEF1 APBA2 0.47 STES
#> 58 LEF1 APBB1 0.49 STES
#> 59 LEF1 APLNR 0.43 STES
#> 60 LEF1 APOD 0.41 STES
#> 61 LEF1 APOLD1 0.40 STES
#> 62 LEF1 AR 0.52 STES
#> 63 LEF1 ARHGAP15 0.48 STES
#> 64 LEF1 ARHGAP20 0.51 STES
#> 65 LEF1 ARHGAP22 0.55 STES
#> 66 LEF1 ARHGAP25 0.46 STES
#> 67 LEF1 ARHGAP31 0.55 STES
#> 68 LEF1 ARHGDIB 0.39 STES
#> 69 LEF1 ARHGEF17 0.43 STES
#> 70 LEF1 ARHGEF6 0.52 STES
#> 71 LEF1 ARID5A 0.42 STES
#> 72 LEF1 ARID5B 0.42 STES
#> 73 LEF1 ARL10 0.51 STES
#> 74 LEF1 ARL4C 0.41 STES
#> 75 LEF1 ARMCX1 0.52 STES
#> 76 LEF1 ARMCX2 0.49 STES
#> 77 LEF1 ARSB 0.51 STES
#> 78 LEF1 ASAP1 0.38 STES
#> 79 LEF1 ASPN 0.52 STES
#> 80 LEF1 ASXL3 0.45 STES
#> 81 LEF1 ATP10A 0.50 STES
#> 82 LEF1 ATP1B2 0.54 STES
#> 83 LEF1 ATP6V1G2 0.52 STES
#> 84 LEF1 ATP8B2 0.57 STES
#> 85 LEF1 ATP8B4 0.43 STES
#> 86 LEF1 ATXN1 0.42 STES
#> 87 LEF1 AVPR1A 0.39 STES
#> 88 LEF1 BACE1 0.49 STES
#> 89 LEF1 BACH2 0.59 STES
#> 90 LEF1 BASP1 0.47 STES
#> 91 LEF1 BATF3 0.40 STES
#> 92 LEF1 BCL2 0.51 STES
#> 93 LEF1 BCL6B 0.44 STES
#> 94 LEF1 BEND5 0.45 STES
#> 95 LEF1 BEND6 0.53 STES
#> 96 LEF1 BEX4 0.44 STES
#> 97 LEF1 BGN 0.58 STES
#> 98 LEF1 BHLHE22 0.56 STES
#> 99 LEF1 BHMT2 0.51 STES
#> 100 LEF1 BICC1 0.55 STES
#> 101 LEF1 BIN2 0.39 STES
#> 102 LEF1 BMP6 0.41 STES
#> 103 LEF1 BMPER 0.45 STES
#> 104 LEF1 BNC2 0.58 STES
#> 105 LEF1 BOC 0.58 STES
#> 106 LEF1 BPI 0.41 STES
#> 107 LEF1 BTK 0.45 STES
#> 108 LEF1 C10orf105 0.38 STES
#> 109 LEF1 C10orf128 0.47 STES
#> 110 LEF1 C11orf63 0.40 STES
#> 111 LEF1 C14orf37 0.53 STES
#> 112 LEF1 C15orf59 0.50 STES
#> 113 LEF1 C16orf45 0.42 STES
#> 114 LEF1 C17orf103 0.45 STES
#> 115 LEF1 C19orf35 0.51 STES
#> 116 LEF1 C1QTNF2 0.53 STES
#> 117 LEF1 C1QTNF3 0.42 STES
#> 118 LEF1 C1QTNF7 0.47 STES
#> 119 LEF1 C1R 0.52 STES
#> 120 LEF1 C1S 0.53 STES
#> 121 LEF1 C21orf62 0.41 STES
#> 122 LEF1 C2orf40 0.42 STES
#> 123 LEF1 C7 0.46 STES
#> 124 LEF1 C8orf34 0.42 STES
#> 125 LEF1 C8orf48 0.46 STES
#> 126 LEF1 CACNA1C 0.46 STES
#> 127 LEF1 CACNA1H 0.51 STES
#> 128 LEF1 CADM1 0.48 STES
#> 129 LEF1 CADM3 0.46 STES
#> 130 LEF1 CALCRL 0.47 STES
#> 131 LEF1 CALD1 0.55 STES
#> 132 LEF1 CALHM2 0.55 STES
#> 133 LEF1 CAMK1D 0.54 STES
#> 134 LEF1 CAMK4 0.44 STES
#> 135 LEF1 CASP12 0.40 STES
#> 136 LEF1 CASQ2 0.46 STES
#> 137 LEF1 CCDC102A 0.42 STES
#> 138 LEF1 CCDC102B 0.41 STES
#> 139 LEF1 CCDC3 0.45 STES
#> 140 LEF1 CCDC8 0.54 STES
#> 141 LEF1 CCDC80 0.54 STES
#> 142 LEF1 CCL14 0.41 STES
#> 143 LEF1 CCL19 0.44 STES
#> 144 LEF1 CCL21 0.39 STES
#> 145 LEF1 CCR2 0.39 STES
#> 146 LEF1 CCR4 0.43 STES
#> 147 LEF1 CD180 0.43 STES
#> 148 LEF1 CD1C 0.42 STES
#> 149 LEF1 CD1D 0.51 STES
#> 150 LEF1 CD1E 0.41 STES
#> 151 LEF1 CD200 0.58 STES
#> 152 LEF1 CD226 0.38 STES
#> 153 LEF1 CD28 0.43 STES
#> 154 LEF1 CD302 0.42 STES
#> 155 LEF1 CD34 0.49 STES
#> 156 LEF1 CD36 0.38 STES
#> 157 LEF1 CD37 0.41 STES
#> 158 LEF1 CD48 0.39 STES
#> 159 LEF1 CD5 0.41 STES
#> 160 LEF1 CD53 0.39 STES
#> 161 LEF1 CD79B 0.40 STES
#> 162 LEF1 CD93 0.44 STES
#> 163 LEF1 CD99L2 0.48 STES
#> 164 LEF1 CDC42EP3 0.58 STES
#> 165 LEF1 CDH11 0.63 STES
#> 166 LEF1 CDH2 0.45 STES
#> 167 LEF1 CDH5 0.46 STES
#> 168 LEF1 CDK14 0.48 STES
#> 169 LEF1 CDO1 0.57 STES
#> 170 LEF1 CDR1 0.39 STES
#> 171 LEF1 CDYL2 0.42 STES
#> 172 LEF1 CEACAM21 0.40 STES
#> 173 LEF1 CECR1 0.41 STES
#> 174 LEF1 CELF2 0.51 STES
#> 175 LEF1 CERKL 0.46 STES
#> 176 LEF1 CES1 0.40 STES
#> 177 LEF1 CFH 0.44 STES
#> 178 LEF1 CGNL1 0.42 STES
#> 179 LEF1 CH25H 0.56 STES
#> 180 LEF1 CHN1 0.59 STES
#> 181 LEF1 CHRD 0.53 STES
#> 182 LEF1 CHRDL1 0.49 STES
#> 183 LEF1 CHST1 0.46 STES
#> 184 LEF1 CHST10 0.43 STES
#> 185 LEF1 CHST11 0.47 STES
#> 186 LEF1 CHST15 0.46 STES
#> 187 LEF1 CHST7 0.45 STES
#> 188 LEF1 CHST8 0.44 STES
#> 189 LEF1 CHSY3 0.51 STES
#> 190 LEF1 CILP 0.45 STES
#> 191 LEF1 CLDN11 0.49 STES
#> 192 LEF1 CLEC14A 0.48 STES
#> 193 LEF1 CLEC1A 0.45 STES
#> 194 LEF1 CLEC2B 0.42 STES
#> 195 LEF1 CLECL1 0.38 STES
#> 196 LEF1 CLIC2 0.57 STES
#> 197 LEF1 CLIP3 0.59 STES
#> 198 LEF1 CLSTN2 0.49 STES
#> 199 LEF1 CMKLR1 0.41 STES
#> 200 LEF1 CMTM3 0.54 STES
#> 201 LEF1 CMYA5 0.41 STES
#> 202 LEF1 CNIH3 0.47 STES
#> 203 LEF1 CNN3 0.44 STES
#> 204 LEF1 CNRIP1 0.59 STES
#> 205 LEF1 CNTN2 0.40 STES
#> 206 LEF1 CNTN4 0.58 STES
#> 207 LEF1 COL10A1 0.38 STES
#> 208 LEF1 COL12A1 0.39 STES
#> 209 LEF1 COL14A1 0.58 STES
#> 210 LEF1 COL15A1 0.43 STES
#> 211 LEF1 COL16A1 0.53 STES
#> 212 LEF1 COL18A1 0.47 STES
#> 213 LEF1 COL19A1 0.45 STES
#> 214 LEF1 COL1A2 0.50 STES
#> 215 LEF1 COL3A1 0.54 STES
#> 216 LEF1 COL4A1 0.38 STES
#> 217 LEF1 COL4A2 0.44 STES
#> 218 LEF1 COL4A3 0.38 STES
#> 219 LEF1 COL5A1 0.51 STES
#> 220 LEF1 COL5A2 0.48 STES
#> 221 LEF1 COL6A2 0.53 STES
#> 222 LEF1 COL6A3 0.54 STES
#> 223 LEF1 COL8A1 0.57 STES
#> 224 LEF1 COL8A2 0.54 STES
#> 225 LEF1 COLEC12 0.49 STES
#> 226 LEF1 COMP 0.46 STES
#> 227 LEF1 CORIN 0.48 STES
#> 228 LEF1 CORO2B 0.57 STES
#> 229 LEF1 CPE 0.53 STES
#> 230 LEF1 CPXM1 0.49 STES
#> 231 LEF1 CPXM2 0.52 STES
#> 232 LEF1 CPZ 0.51 STES
#> 233 LEF1 CR1 0.42 STES
#> 234 LEF1 CRHBP 0.43 STES
#> 235 LEF1 CRISPLD1 0.55 STES
#> 236 LEF1 CRISPLD2 0.53 STES
#> 237 LEF1 CRMP1 0.58 STES
#> 238 LEF1 CRTAC1 0.45 STES
#> 239 LEF1 CSF1R 0.38 STES
#> 240 LEF1 CSF2RB 0.44 STES
#> 241 LEF1 CSRP2 0.45 STES
#> 242 LEF1 CST2 0.43 STES
#> 243 LEF1 CTGF 0.44 STES
#> 244 LEF1 CTHRC1 0.48 STES
#> 245 LEF1 CTSK 0.56 STES
#> 246 LEF1 CTSO 0.43 STES
#> 247 LEF1 CUBN 0.47 STES
#> 248 LEF1 CX3CR1 0.43 STES
#> 249 LEF1 CXCL12 0.48 STES
#> 250 LEF1 CXCR4 0.42 STES
#> 251 LEF1 CXorf21 0.45 STES
#> 252 LEF1 CXorf36 0.48 STES
#> 253 LEF1 CYBRD1 0.54 STES
#> 254 LEF1 CYGB 0.57 STES
#> 255 LEF1 CYP1B1 0.52 STES
#> 256 LEF1 CYP27A1 0.48 STES
#> 257 LEF1 CYP2U1 0.48 STES
#> 258 LEF1 CYP7B1 0.52 STES
#> 259 LEF1 CYSLTR1 0.48 STES
#> 260 LEF1 CYYR1 0.52 STES
#> 261 LEF1 DAAM2 0.50 STES
#> 262 LEF1 DAB2 0.54 STES
#> 263 LEF1 DACT1 0.60 STES
#> 264 LEF1 DAZL 0.47 STES
#> 265 LEF1 DCHS1 0.58 STES
#> 266 LEF1 DCLK1 0.55 STES
#> 267 LEF1 DCLK2 0.56 STES
#> 268 LEF1 DCN 0.61 STES
#> 269 LEF1 DDR2 0.52 STES
#> 270 LEF1 DIO2 0.54 STES
#> 271 LEF1 DIRC3 0.40 STES
#> 272 LEF1 DISC1 0.54 STES
#> 273 LEF1 DKK2 0.45 STES
#> 274 LEF1 DKK3 0.53 STES
#> 275 LEF1 DLG4 0.51 STES
#> 276 LEF1 DLL1 0.39 STES
#> 277 LEF1 DMD 0.40 STES
#> 278 LEF1 DMRTC1B 0.38 STES
#> 279 LEF1 DNAJC18 0.53 STES
#> 280 LEF1 DOCK10 0.48 STES
#> 281 LEF1 DOCK11 0.54 STES
#> 282 LEF1 DOCK2 0.44 STES
#> 283 LEF1 DOCK8 0.40 STES
#> 284 LEF1 DOK5 0.56 STES
#> 285 LEF1 DOK6 0.64 STES
#> 286 LEF1 DPT 0.43 STES
#> 287 LEF1 DPYSL3 0.58 STES
#> 288 LEF1 DPYSL4 0.48 STES
#> 289 LEF1 DSE 0.41 STES
#> 290 LEF1 DSEL 0.55 STES
#> 291 LEF1 DTX1 0.47 STES
#> 292 LEF1 DUSP22 0.43 STES
#> 293 LEF1 DUSP26 0.41 STES
#> 294 LEF1 DYSF 0.39 STES
#> 295 LEF1 DZIP1 0.61 STES
#> 296 LEF1 EBF1 0.58 STES
#> 297 LEF1 EBF2 0.41 STES
#> 298 LEF1 EBF3 0.56 STES
#> 299 LEF1 ECM2 0.61 STES
#> 300 LEF1 EDA2R 0.48 STES
#> 301 LEF1 EDIL3 0.41 STES
#> 302 LEF1 EDNRA 0.58 STES
#> 303 LEF1 EFEMP1 0.55 STES
#> 304 LEF1 EFEMP2 0.55 STES
#> 305 LEF1 EFHD1 0.48 STES
#> 306 LEF1 EFS 0.52 STES
#> 307 LEF1 EGR2 0.50 STES
#> 308 LEF1 EHD3 0.54 STES
#> 309 LEF1 EID3 0.42 STES
#> 310 LEF1 ELMO1 0.59 STES
#> 311 LEF1 ELN 0.56 STES
#> 312 LEF1 ELOVL5 0.44 STES
#> 313 LEF1 ELTD1 0.44 STES
#> 314 LEF1 EMCN 0.48 STES
#> 315 LEF1 EML1 0.55 STES
#> 316 LEF1 ENOX1 0.68 STES
#> 317 LEF1 ENPEP 0.41 STES
#> 318 LEF1 ENPP2 0.46 STES
#> 319 LEF1 ENTPD1 0.60 STES
#> 320 LEF1 EPB41L3 0.48 STES
#> 321 LEF1 EPDR1 0.44 STES
#> 322 LEF1 EPHA3 0.59 STES
#> 323 LEF1 EPM2A 0.44 STES
#> 324 LEF1 ERG 0.56 STES
#> 325 LEF1 ESR1 0.50 STES
#> 326 LEF1 EVC 0.59 STES
#> 327 LEF1 EVC2 0.55 STES
#> 328 LEF1 EVI2A 0.44 STES
#> 329 LEF1 EVI2B 0.42 STES
#> 330 LEF1 EVL 0.50 STES
#> 331 LEF1 F10 0.39 STES
#> 332 LEF1 F2R 0.62 STES
#> 333 LEF1 F2RL2 0.47 STES
#> 334 LEF1 F8 0.46 STES
#> 335 LEF1 FAIM3 0.40 STES
#> 336 LEF1 FAM107A 0.43 STES
#> 337 LEF1 FAM110B 0.47 STES
#> 338 LEF1 FAM124A 0.44 STES
#> 339 LEF1 FAM124B 0.54 STES
#> 340 LEF1 FAM127C 0.46 STES
#> 341 LEF1 FAM13C 0.56 STES
#> 342 LEF1 FAM171B 0.43 STES
#> 343 LEF1 FAM180A 0.52 STES
#> 344 LEF1 FAM196B 0.40 STES
#> 345 LEF1 FAM198A 0.45 STES
#> 346 LEF1 FAM198B 0.53 STES
#> 347 LEF1 FAM19A5 0.56 STES
#> 348 LEF1 FAM20C 0.39 STES
#> 349 LEF1 FAM26E 0.53 STES
#> 350 LEF1 FAM43B 0.50 STES
#> 351 LEF1 FAM49A 0.46 STES
#> 352 LEF1 FAM65B 0.45 STES
#> 353 LEF1 FAM78A 0.42 STES
#> 354 LEF1 FAP 0.49 STES
#> 355 LEF1 FAT4 0.53 STES
#> 356 LEF1 FBLN1 0.54 STES
#> 357 LEF1 FBLN5 0.58 STES
#> 358 LEF1 FBLN7 0.57 STES
#> 359 LEF1 FBN1 0.59 STES
#> 360 LEF1 FBXL7 0.61 STES
#> 361 LEF1 FCGR2B 0.39 STES
#> 362 LEF1 FCGR2C 0.39 STES
#> 363 LEF1 FCHSD2 0.41 STES
#> 364 LEF1 FCRLA 0.38 STES
#> 365 LEF1 FERMT2 0.54 STES
#> 366 LEF1 FGD1 0.53 STES
#> 367 LEF1 FGD3 0.42 STES
#> 368 LEF1 FGD5 0.55 STES
#> 369 LEF1 FGF1 0.42 STES
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#> 740 LEF1 PCDH17 0.46 STES
#> 741 LEF1 PCDH18 0.51 STES
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#> 744 LEF1 PCDHB4 0.49 STES
#> 745 LEF1 PCDHB7 0.41 STES
#> 746 LEF1 PCDHGA12 0.54 STES
#> 747 LEF1 PCDHGA2 0.46 STES
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#> 749 LEF1 PCDHGB7 0.55 STES
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#> 1112 LEF1 ZNF385B 0.42 STES
#> 1113 LEF1 ZNF385D 0.42 STES
#> 1114 LEF1 ZNF423 0.66 STES
#> 1115 LEF1 ZNF43 0.41 STES
#> 1116 LEF1 ZNF439 0.42 STES
#> 1117 LEF1 ZNF454 0.56 STES
#> 1118 LEF1 ZNF470 0.42 STES
#> 1119 LEF1 ZNF471 0.51 STES
#> 1120 LEF1 ZNF521 0.61 STES
#> 1121 LEF1 ZNF532 0.40 STES
#> 1122 LEF1 ZNF568 0.51 STES
#> 1123 LEF1 ZNF569 0.44 STES
#> 1124 LEF1 ZNF570 0.47 STES
#> 1125 LEF1 ZNF582 0.53 STES
#> 1126 LEF1 ZNF583 0.41 STES
#> 1127 LEF1 ZNF610 0.49 STES
#> 1128 LEF1 ZNF625 0.43 STES
#> 1129 LEF1 ZNF626 0.49 STES
#> 1130 LEF1 ZNF660 0.52 STES
#> 1131 LEF1 ZNF677 0.56 STES
#> 1132 LEF1 ZNF71 0.40 STES
#> 1133 LEF1 ZNF781 0.53 STES
#> 1134 LEF1 ZNF804A 0.45 STES
#> 1135 LEF1 ZNF829 0.46 STES
#> 1136 LEF1 ZNF835 0.50 STES
#> 1137 LEF1 ZNF843 0.47 STES
#> 1138 LEF1 ZNF853 0.53 STES
#> 1139 LEF1 ZNF880 0.42 STES
#> 1140 LEF1 ZSCAN18 0.46 STES
# enter a custom query with different arguments
get_tf(conn,
tf = 'LEF1',
study = 'STES',
min_abs_cor = .3,
max_num = 5)
#> tf feature cor study
#> 1 LEF1 ENOX1 0.68 STES
#> 2 LEF1 KIAA1755 0.67 STES
#> 3 LEF1 OLFML1 0.66 STES
#> 4 LEF1 RFTN1 0.66 STES
#> 5 LEF1 ZNF423 0.66 STES