Skip to contents

aggregates original data from a given study

Usage

get_dataset(study, na.rm = FALSE)

Arguments

study

character, the name of the study you want to aggregate the dta from

na.rm

logical, whether or not to exclude odorants that were not measured in the study

Value

returns a data frame containing all the odorant responses measured in study

Author

Daniel Münch <daniel.muench@uni-konstanz.de>

Examples

# load data
library(DoOR.data)
load_door_data(nointeraction = TRUE)

# get all recordings from the Hallem.2004.EN data set
get_dataset("Hallem.2004.EN", na.rm = TRUE)
#>        Class                    Name                    InChIKey     CID
#> 1       <NA>                     sfr                         SFR     SFR
#> 4      amine              putrescine KIDHWZJUCRJVML-UHFFFAOYSA-N    1045
#> 12    O ring       gamma-hexalactone JBFHTYHTHYHCDJ-UHFFFAOYSA-N   12756
#> 31    sulfid 3-methylthio-1-propanol CZUGFKJYCPYHHV-UHFFFAOYSA-N   10448
#> 34    sulfid            propanethiol SUVIGLJNEAMWEG-UHFFFAOYSA-N    7848
#> 36   terpene            alpha-pinene GRWFGVWFFZKLTI-UHFFFAOYSA-N    6654
#> 44   terpene         geranyl acetate HIGQPQRQIQDZMP-DHZHZOJOSA-N 1549026
#> 46   terpene                geraniol GLZPCOQZEFWAFX-JXMROGBWSA-N  637566
#> 48   terpene                linalool CDOSHBSSFJOMGT-UHFFFAOYSA-N    6549
#> 55   terpene                  citral WTEVQBCEXWBHNA-JXMROGBWSA-N  638011
#> 74  aldehyde              E2-hexenal MBDOYVRWFFCFHM-SNAWJCMRSA-N 5281168
#> 75    O ring                furfural HYBBIBNJHNGZAN-UHFFFAOYSA-N    7362
#> 77  aldehyde                 octanal NUJGJRNETVAIRJ-UHFFFAOYSA-N     454
#> 83    ketone                 acetone CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N     180
#> 85    ketone             2-pentanone XNLICIUVMPYHGG-UHFFFAOYSA-N    7895
#> 86    ketone             2-heptanone CATSNJVOTSVZJV-UHFFFAOYSA-N    8051
#> 88    ketone         2,3-butanedione QSJXEFYPDANLFS-UHFFFAOYSA-N     650
#> 89    ketone    3-hydroxy-2-butanone ROWKJAVDOGWPAT-UHFFFAOYSA-N     179
#> 93    ketone           cyclohexanone JHIVVAPYMSGYDF-UHFFFAOYSA-N    7967
#> 94    ketone              2-octanone ZPVFWPFBNIEHGJ-UHFFFAOYSA-N    8093
#> 98      arom          benzyl alcohol WVDDGKGOMKODPV-UHFFFAOYSA-N     244
#> 99      arom       methyl salicylate OSWPMRLSEDHDFF-UHFFFAOYSA-N    4133
#> 103     arom            benzaldehyde HUMNYLRZRPPJDN-UHFFFAOYSA-N     240
#> 104     arom      phenylacetaldehyde DTUQWGWMVIHBKE-UHFFFAOYSA-N     998
#> 105     arom            acetophenone KWOLFJPFCHCOCG-UHFFFAOYSA-N    7410
#> 107     arom          2-methylphenol QWVGKYWNOKOFNN-UHFFFAOYSA-N     335
#> 120     arom          4-methylphenol IWDCLRJOBJJRNH-UHFFFAOYSA-N    2879
#> 121     arom           4-ethylphenol HXDOZKJGKXYMEW-UHFFFAOYSA-N   31242
#> 126     arom          benzyl acetate QUKGYYKBILRGFE-UHFFFAOYSA-N    8785
#> 127     arom          4-propylphenol KLSLBUSXWBJMEC-UHFFFAOYSA-N   12580
#> 128     arom          3-methylphenol RLSSMJSEOOYNOY-UHFFFAOYSA-N     342
#> 135  alcohol               1-butanol LRHPLDYGYMQRHN-UHFFFAOYSA-N     263
#> 137  alcohol               1-hexanol ZSIAUFGUXNUGDI-UHFFFAOYSA-N    8103
#> 138  alcohol               1-octanol KBPLFHHGFOOTCA-UHFFFAOYSA-N     957
#> 144  alcohol            1-octen-3-ol VSMOENVRRABVKN-UHFFFAOYSA-N   18827
#> 145  alcohol              E2-hexenol ZCHHRLHTBGRGOT-SNAWJCMRSA-N 5318042
#> 150  alcohol          2,3-butanediol OWBTYPJTUOEWEK-UHFFFAOYSA-N     262
#> 151  alcohol            cyclohexanol HPXRVTGHNJAIIH-UHFFFAOYSA-N    7966
#> 155  alcohol               3-octanol NMRPBPVERJPACX-UHFFFAOYSA-N   11527
#> 156  alcohol               1-nonanol ZWRUINPWMLAQRD-UHFFFAOYSA-N    8914
#> 164    ester           ethyl acetate XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N    8857
#> 166    ester           butyl acetate DKPFZGUDAPQIHT-UHFFFAOYSA-N   31272
#> 167    ester          pentyl acetate PGMYKACGEOXYJE-UHFFFAOYSA-N   12348
#> 170    ester       isopentyl acetate MLFHJEHSLIIPHL-UHFFFAOYSA-N   31276
#> 171    ester      E2-hexenyl acetate HRHOWZHRCRZVCU-WAYWQWQTSA-N 2733294
#> 173    ester          ethyl butyrate OBNCKNCVKJNDBV-UHFFFAOYSA-N    7762
#> 175    ester ethyl 3-hydroxybutyrate OMSUIQOIVADKIM-UHFFFAOYSA-N   62572
#> 176    ester        ethyl propionate FKRCODPIKNYEAC-UHFFFAOYSA-N    7749
#> 179    ester         ethyl hexanoate SHZIWNPUGXLXDT-UHFFFAOYSA-N   31265
#> 192   N ring                  indole SIKJAQJRHWYJAI-UHFFFAOYSA-N     798
#> 199    ester ethyl 2-methylbutanoate HCRBXQFHJMCTLF-UHFFFAOYSA-N   24020
#> 201    ester        ethyl pentanoate ICMAFTSLXCXHRK-UHFFFAOYSA-N   10882
#> 221    other                     oil                     solvent solvent
#> 225    other          carbon dioxide CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N     280
#> 227   N ring             pyrrolidine RWRDLPDLKQPQOW-UHFFFAOYSA-N   31268
#> 666     <NA>     (R)-(+)-citronellal NEHNMFOYXAPHSD-SNVBAGLBSA-N   75427
#>           CAS   Or2a    Or7a    Or9a   Or10a   Or19a   Or22a  Or23a   Or33b
#> 1         SFR     NA  15.592      NA      NA      NA   6.186     NA   0.000
#> 4    110-60-1     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 12   695-06-7     NA      NA      NA      NA      NA      NA 24.167      NA
#> 31   505-10-2     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 34   107-03-9     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 36    80-56-8     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 44   105-87-3 16.667  44.833  29.167  19.333  54.167  27.333 17.167  -1.583
#> 46   106-24-1     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 48    78-70-6     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 55  5392-40-5     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 74  6728-26-3 21.167 229.500  46.667  11.667  39.333  28.000 63.333  -6.083
#> 75    98-01-1 35.167      NA      NA      NA      NA      NA 24.333      NA
#> 77   124-13-0     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 83    67-64-1     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 85   107-87-9     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 86   110-43-0 52.333   0.667  98.833  10.500 153.833  82.500 54.167  -7.333
#> 88   431-03-8 21.333  53.167 152.500  31.500  52.167  80.833 32.000  -4.167
#> 89   513-86-0 65.000      NA 203.000      NA      NA      NA     NA      NA
#> 93   108-94-1 41.500      NA      NA      NA      NA      NA 53.500      NA
#> 94   111-13-7     NA      NA      NA      NA 192.000      NA     NA      NA
#> 98   100-51-6     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 99   119-36-8 20.000  14.833  25.000 249.500  61.667  17.500 16.000  -8.083
#> 103  100-52-7     NA 206.333      NA  70.833      NA      NA     NA      NA
#> 104  122-78-1     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 105   98-86-2     NA      NA      NA 204.833      NA      NA     NA      NA
#> 107   95-48-7     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 120  106-44-5     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 121  123-07-9     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 126  140-11-4     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 127  645-56-7     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 128  108-39-4     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 135   71-36-3     NA 205.167      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 137  111-27-3 41.500 113.167  95.833   5.500 152.500  68.167 57.167 -11.417
#> 138  111-87-5     NA      NA      NA      NA 136.500      NA     NA      NA
#> 144 3391-86-4 35.667  30.667  50.667   2.000 171.333 108.333 33.333 -14.917
#> 145  928-95-0     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 150  513-85-9     NA      NA 189.333      NA      NA      NA     NA      NA
#> 151  108-93-0 51.000      NA      NA      NA      NA      NA 42.833      NA
#> 155  589-98-0     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 156  143-08-8     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 164  141-78-6 17.833  35.833  71.833  24.000  61.000  59.667 17.000  -3.583
#> 166  123-86-4     NA      NA      NA      NA 125.500 124.833     NA -15.500
#> 167  628-63-7 59.500  10.500  87.833  11.500 150.167 156.500 45.500 -13.167
#> 170  123-92-2     NA   1.500      NA 116.333 162.833 144.167     NA      NA
#> 171 2497-18-9     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 173  105-54-4 20.333  10.833 121.167  25.000  93.333 168.000 24.167   5.000
#> 175 5405-41-4     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA -17.417
#> 176  105-37-3     NA      NA  80.000      NA      NA 124.167     NA  36.917
#> 179  123-66-0     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA  -7.167
#> 192  120-72-9     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 199 7452-79-1     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 201  539-82-2     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 221   solvent 16.333  27.667  11.333  17.000  16.000  10.000  8.833   0.500
#> 225  124-38-9 17.167  26.000   8.167  19.500  12.667   6.000 14.667   2.417
#> 227  123-75-1     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#> 666  106-23-0     NA      NA      NA      NA      NA      NA     NA      NA
#>       Or35a   Or43a   Or43b   Or47a  Or47b   Or49b   Or59b  Or65a   Or67a
#> 1        NA      NA      NA      NA 73.076      NA   7.008     NA      NA
#> 4        NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 12       NA      NA      NA      NA 40.743      NA      NA     NA      NA
#> 31       NA      NA      NA 231.167     NA      NA      NA     NA      NA
#> 34       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 36       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 44   21.667  27.500  21.000   6.333 56.243  10.167  25.921 19.833  29.500
#> 46       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 48       NA      NA      NA      NA     NA      NA  -2.079     NA      NA
#> 55       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 74  200.167  84.500 103.667  39.500 64.076   9.833  20.087 14.667  71.500
#> 75       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 77  176.000      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 83       NA      NA      NA      NA     NA      NA  84.921     NA      NA
#> 85  100.333      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 86  116.833  71.833  75.167 182.833 33.493  16.000  26.754 39.500 111.000
#> 88   69.000  46.667  75.667  37.167 49.826  24.667 119.504 35.000  42.667
#> 89       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 93       NA 127.000      NA      NA 64.493      NA      NA     NA      NA
#> 94       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 98       NA  83.167      NA      NA     NA      NA      NA 16.333      NA
#> 99   23.667  55.333  18.500   0.167 72.993  27.000   4.504  5.833  25.333
#> 103      NA  72.667      NA      NA     NA      NA      NA  9.833      NA
#> 104      NA  35.667      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 105      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 107      NA      NA      NA      NA     NA 175.833      NA     NA      NA
#> 120      NA      NA      NA      NA     NA  67.500      NA     NA      NA
#> 121      NA      NA      NA      NA     NA  51.167      NA     NA      NA
#> 126      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA 25.667      NA
#> 127      NA      NA      NA      NA     NA  33.833      NA     NA      NA
#> 128      NA      NA      NA      NA     NA 102.333      NA     NA      NA
#> 135 222.000      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 137 216.000 149.500 125.333  60.833  8.410  20.667  30.087 24.167  92.000
#> 138      NA  23.667      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 144 209.667 112.667  54.167  84.667 25.743  13.333  16.004 21.000  98.333
#> 145      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 150      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 151      NA 139.000      NA      NA 38.743      NA      NA     NA      NA
#> 155      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA 110.167
#> 156 163.667      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 164  33.333  30.333 178.167 115.000 52.826  17.833 121.087 17.833  42.667
#> 166      NA      NA 202.667      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 167 201.500  52.667 112.833 255.833 26.160  15.000  36.421 36.167 130.000
#> 170      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA 122.000
#> 171      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA  46.333
#> 173 101.167  62.833 210.667  84.000 41.576   9.333  26.421 16.333 101.000
#> 175 185.500      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 176      NA      NA      NA      NA     NA      NA  66.171     NA  55.667
#> 179      NA      NA  49.500      NA     NA      NA      NA     NA 154.833
#> 192      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA  7.167      NA
#> 199      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 201      NA      NA 164.667      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#> 221  26.833  25.167   7.667  13.333 72.576   7.333  10.921 13.167  15.833
#> 225  20.000  23.500   6.333  15.333 71.826   7.833  10.587 17.333  18.500
#> 227      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA 59.167      NA
#> 666      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA     NA      NA
#>       Or67c   Or82a   Or85a   Or85b  Or85f   Or88a   Or98a
#> 1        NA      NA      NA      NA     NA   0.000      NA
#> 4        NA      NA      NA  79.500     NA      NA      NA
#> 12       NA      NA      NA      NA 59.000      NA      NA
#> 31       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 34       NA      NA      NA 116.667     NA      NA      NA
#> 36       NA  19.500      NA      NA     NA      NA      NA
#> 44    5.000 211.667  10.833  64.333  8.000   1.333  81.167
#> 46       NA  30.333      NA      NA     NA      NA      NA
#> 48       NA  34.545      NA      NA     NA      NA 159.333
#> 55       NA  71.667      NA      NA     NA      NA      NA
#> 74   58.833  12.333  30.500 186.500 35.333  -5.083  45.833
#> 75       NA      NA      NA      NA 56.333      NA      NA
#> 77       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 83       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 85       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 86   53.000  40.000  42.833 238.667 54.000  -8.583 220.833
#> 88   47.667  34.500  36.667 175.833 31.500   5.583  44.667
#> 89       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 93       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 94       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 98       NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 99    2.333  12.333   6.333  52.167 19.333  -6.500  29.500
#> 103      NA      NA      NA      NA 41.667      NA      NA
#> 104      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 105      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 107      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 120      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 121      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 126      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 127      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 128      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 135      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 137  99.167  47.000 141.667 247.000 64.000 -10.583 167.833
#> 138      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 144  25.167  35.333  45.000 234.167 32.667 -11.750 196.833
#> 145 100.333      NA 141.500      NA     NA      NA 191.667
#> 150      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 151      NA      NA      NA      NA 62.167      NA      NA
#> 155      NA      NA      NA 245.000     NA      NA      NA
#> 156      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 164  35.167  27.167  56.833  39.333 25.333  -0.500  27.000
#> 166      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 167  28.167  38.833  34.333 254.667 38.333 -11.917 231.333
#> 170      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 171  10.667      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 173 135.000  33.500 132.167 141.833 30.333  -4.417 113.167
#> 175  54.333      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 176  47.000      NA      NA      NA     NA      NA  41.833
#> 179      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 192      NA      NA      NA      NA     NA  -5.083      NA
#> 199  91.000      NA  58.167      NA     NA      NA      NA
#> 201      NA      NA      NA      NA     NA      NA      NA
#> 221   4.333  13.667  11.000  58.333  4.000   1.250  21.167
#> 225   6.833  13.833  15.000  44.000  4.667  -0.667  45.667
#> 227      NA      NA      NA      NA     NA  81.333      NA
#> 666      NA  49.333      NA      NA     NA      NA      NA