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Changelog

Source: NEWS.md

ciecl 0.9.8 (en desarrollo, 2026-04-25 → 2026-09-16)

English summary below

Correcciones menores — nits de auditoría (2026-09-16)

Sin cambios en la API pública; dos cambios de comportamiento acotados: cie_short() ahora valida category y cie_table(NA) aborta como input inválido en lugar de reportar “código no encontrado: NA”.

  • Validaciones endurecidas (clase ciecl_invalid_input): cie_short() valida que category sea NULL o un string escalar no-NA (antes un vector o numérico derivaba en un error duro no tipado); cie_table() rechaza code = NA como input inválido (antes caía en “Código no encontrado: NA”).
  • Orden determinista en cie_lookup(): el modo vector exacto (IN (...)) ahora incluye ORDER BY codigo, igual que los demás caminos de la función.
  • Documentación interna corregida: el @returns de sigla_to_codigo() refleja que retorna el primer código (string de longitud 1) o NULL.
  • Limpieza de metadatos: se completa la eliminación del @importFrom dplyr select sin uso real (los usos en R/ ya eran calificados dplyr::select()); writexl sale de Suggests (sin uso ejecutable en el paquete) y de las tablas de instalación de las viñetas; se verificó que Config/roxygen2/version en DESCRIPTION es el mecanismo estándar del roxygen2 vigente (reemplaza a RoxygenNote; document() la re-escribe automáticamente) y se mantiene con el valor correcto; codemeta.json registra dateModified.
  • README y viñetas bilingües: los chunks de instalación y comorbilidad del README ahora respetan la condicional de idioma (el README en inglés ya no muestra comentarios en español); el encabezado final de la viñeta en inglés se alinea al registro de la española (“Collaboration and Support”).
  • Tests: nuevas aserciones para el warning de rango invertido en cie_lookup(), los errores tipados de threshold/max_results en cie_search(), la coerción de default = NA_real_/NaN en cie_describe() y el NULL del camino sin match de sigla_to_codigo(); literales non-ASCII de test-encoding.R convertidos a escapes \uXXXX.

Input validation hardened (class ciecl_invalid_input): cie_short() requires category to be NULL or a non-NA length-1 string, and cie_table(NA) now aborts as invalid input instead of reporting “code not found: NA”. Exact vector mode in cie_lookup() now sorts by codigo for deterministic output. Metadata cleanup: the unused @importFrom dplyr select removal is completed (all uses were already qualified dplyr::select()), writexl leaves Suggests (no executable use in the package), Config/roxygen2/version in DESCRIPTION was verified to be the standard mechanism of the current roxygen2 (it replaces RoxygenNote and is rewritten automatically by document()) and is kept with its correct value, and codemeta.json records dateModified. README install and comorbidity chunks now follow the language conditional, and the English vignette’s closing heading matches the Spanish register (“Collaboration and Support”). Tests added for the inverted-range warning, typed threshold/max_results errors, default coercion in cie_describe(), and the NULL no-match path of sigla_to_codigo().

Correcciones menores — nits de auditoría (2026-09-15)

Sin cambios en la API pública; un cambio de comportamiento acotado: cie_table() ahora requiere un único código; pasar un vector de largo >1 (uso nunca documentado) aborta con error claro en lugar del error de gt.

  • Bug fix — cie10_sql(): una consulta SELECT legítima que comenzaba con un comentario (-- o /* */) abortaba como “no SELECT”; la validación ahora corre después de remover comentarios y strings.
  • Validaciones endurecidas (clase ciecl_invalid_input): cie_table() valida que code sea un string de longitud 1; cie_describe() valida que default sea character escalar o NA.

Bug fix: cie10_sql() no longer rejects a legitimate SELECT that starts with a comment (-- or /* */); the check now runs after stripping comments and string literals. Input validation hardened (class ciecl_invalid_input): cie_table() requires code to be a length-1 string (a behavior change: a length >1 vector, never a documented use, now aborts with a clear error instead of the gt error) and cie_describe() requires default to be a scalar character or NA.

Correcciones de robustez — auditoría interna (2026-09-13)

Primera tanda (Fase A) de la auditoría interna de R/. Sin cambios en la API pública; un cambio de comportamiento acotado: cie_expand(NA) ahora aborta con error claro en lugar de retornar character(0) silenciosamente.

  • Bug fix — rangos en cie_lookup(): un rango como "E10-E14" excluía silenciosamente las subcategorías del límite superior (E14.0–E14.9), porque BETWEEN con collation BINARY compara lexicográficamente ('E14.9' > 'E14'). La consulta ahora cubre el prefijo del límite superior, por lo que el rango incluye todas las subcategorías.
  • Validaciones endurecidas (errores claros con clase ciecl_invalid_input en lugar de errores base de R): cie_lookup() aborta si extract = TRUE recibe más de un código (el contrato documentado es escalar); cie_expand() valida que code sea un string escalar; cie_search() valida tipo y ausencia de NA en threshold y max_results; cie11_search() valida NA en max_results.
  • cie_search() — esquema de salida estable: la columna uso_cl ahora está presente en todos los caminos internos (FTS y fallbacks), y only_uso_cl = TRUE filtra los códigos legado antes de aplicar el límite max_results (antes podían consumir cupo del límite y truncar resultados vigentes).
  • cie_lookup() vectorial: los códigos con caracteres inválidos o no encontrados se informan en un mensaje agregado (como ya hacía el modo escalar), en lugar de descartarse en silencio.
  • cie_guide(): la tabla de orientación recomendaba el argumento deprecado expandir = TRUE; ahora indica el vigente expand = TRUE.

Segunda tanda (Fase B) de la misma auditoría: ítems menores de bajo riesgo. Sin cambios en la API pública.

  • Hardening de cie10_sql(): el escaneo de palabras clave bloqueadas ahora se aplica sobre la consulta ya limpia de literales de texto y comentarios, eliminando falsos positivos en SELECT legítimas (p. ej. LIKE '%drop%'); las protecciones vigentes no cambian.
  • CIECL_CACHE_DIR="": una variable de entorno definida pero vacía ahora se trata como no definida (fallback a tools::R_user_dir()); antes derivaba en escribir la caché en el directorio de trabajo.
  • cie_norm(): "E11.X" (convención “no especificada”) ya no queda como "E11." malformado; al remover la X final se remueve también el punto previo si lo hay.
  • Caché SQLite: la construcción y eliminación de la caché ahora chequean el retorno de file.rename()/file.remove() y advierten con un mensaje informativo si el sistema operativo rechaza la operación (típico lock de archivo en Windows), en lugar de continuar en silencio.
  • cie_comorbid(): la documentación del valor de retorno ahora indica correctamente tibble (antes decía data.frame), y data, id y code se validan al inicio con errores tipados ciecl_invalid_input.
  • cie_search() con texto de solo símbolos (p. ej. "!!"): el camino sin candidatos para la búsqueda difusa ahora retorna de inmediato un tibble vacío con el esquema correcto; antes calculaba mean(numeric(0)) y propagaba un NaN silencioso en los scores.
  • Limpieza interna: eliminados @importFrom sin uso real (pull, rowwise, tribble, matches, select); NAMESPACE regenerado.

Bug fix: code ranges in cie_lookup() (e.g. "E10-E14") now include the upper bound’s subcategories (E14.x), previously dropped silently by the lexicographic BETWEEN. Input validation hardened (extract = TRUE scalar-only, scalar cie_expand() — with NA now aborting instead of silently returning character(0) —, typed threshold/max_results with explicit NA guards in cie_search() and cie11_search()). cie_search() output schema is now stable (uso_cl present on every internal path) and only_uso_cl = TRUE filters legacy codes before the max_results cap. Vector-mode cie_lookup() reports invalid/not-found codes in a single aggregate message, and cie_guide() now points to the current expand argument instead of the deprecated expandir.

Phase B (same audit, low-risk items): cie10_sql() keyword scanning now ignores string literals and comments (no more false positives on legitimate SELECTs, same protections); an empty CIECL_CACHE_DIR falls back to tools::R_user_dir() instead of writing to the working directory; cie_norm("E11.X") no longer leaves a dangling dot; cache build/clear now warn if file.rename()/file.remove() fail; cie_comorbid() docs correctly state the tibble return and data/id/code are validated up front; cie_search() with a symbols-only text returns an empty tibble with the correct schema instead of a silent NaN; unused @importFrom entries removed.

Respuesta a comentarios rOpenSci #765 (2026-09-08)

Cambios derivados del comentario de Maëlle del 2026-09-07. Sin cambios en la API pública.

  • Ejemplos ejecutados en el sitio pkgdown: los ejemplos que solo corrían en sesiones interactivas ahora también se ejecutan al construir el sitio (rlang::is_interactive() || identical(Sys.getenv("IN_PKGDOWN"), "true")), de modo que las páginas de referencia muestran la salida real de las funciones. Los ejemplos de cie11_search() usan cassettes de vcr (sin red ni credenciales); se agregó un cassette con causas frecuentes de egreso en Chile (diabetes mellitus, hipertensión esencial, neumonía).
  • Nuevo test del rebuild de caché por versión: simula una actualización del paquete con testthat::local_mocked_bindings() sobre utils::packageVersion() y verifica que la caché se reconstruye (sugerencia de la revisora).
  • Config/Needs/website ahora incluye vcr explícitamente, garantizando su instalación en el build del sitio.

Examples on the pkgdown site now run at build time (interactive or IN_PKGDOWN), reference pages show real output, cie11_search() examples replay enriched vcr cassettes, and a new test pins the cache-rebuild-on-version-mismatch behaviour using testthat::local_mocked_bindings().

Poda y endurecimiento de la suite de tests (2026-09-05 / 2026-09-06)

Reestructuración completa de la suite de tests, en el contexto de la revisión rOpenSci #765. Sin cambios en R/ ni en la API pública.

  • 457 → 372 tests con la cobertura subiendo de 97,72 % a 98,62 %: cero líneas de R/ perdidas, verificado con covr línea por línea en cada fase de la poda.
  • Cero HTTP real en la suite: los tests de la API CIE-11 de la OMS migraron a mocks de httr2; el único test con red real queda protegido con skip_on_cran() + skip_if_offline() + credencial de la API.
  • Tests de caché aislados: los que operaban sobre el caché real de la usuaria ahora corren en directorios temporales vía CIECL_CACHE_DIR + withr; los tests de ciclo de vida del caché viven en test-cie-sql-cache.R.
  • Aserciones endurecidas: expectativas débiles (expect_gte(), conteos genéricos) reemplazadas por valores exactos verificados empíricamente contra el paquete comorbidity; duplicados y flujos E2E redundantes eliminados; un snapshot por mensaje de error.
  • Política “canario CRAN”: documentada en tests/testthat/setup.R; cada archivo clave mantiene al menos un test ligero que corre también en CRAN (sin red, sin paquetes opcionales, escribiendo solo en tempdir).
  • Nuevo archivo test-cie-map-comorbid.R con los tests de cie_map_comorbid(), extraídos de test-cie-comorbid.R (que baja del límite de 600 líneas).

Revisión rOpenSci — seguimiento de comentarios de Maëlle Salmon (2026-08-27)

Tercera tanda, a partir del seguimiento de @maelle en el issue rOpenSci #765. Sin cambios en la API pública.

  • Guía de inicio mejorada: la frase sobre mutate() quedó en lenguaje simple; el cruce entre la búsqueda difusa y los códigos presentes en la base ahora se muestra con código ejecutable (intersect()), explicitando de dónde salen E11.9 y E14.9; la guía cierra el caso de uso filtrando los egresos y resumiéndolos por tipo de diabetes. Los mismos cambios se aplicaron a la gemela en inglés case-study-discharges.Rmd, que queda sincronizada con ciecl.Rmd.
  • Caché SQLite: la ayuda de cie10_clear_cache() ahora indica que la reconstrucción tras una actualización del paquete es automática (la caché guarda la versión del paquete en la tabla cie10_meta y se reconstruye sola en el primer uso si difiere); los casos de uso manual que quedan son caché corrupta o liberación de disco. La ayuda de cie10_disconnect() aclara que la desconexión manual solo es necesaria al borrar el .db por fuera del paquete o al cerrar procesos batch largos. Tres tests nuevos cubren el ciclo de reconstrucción por versión.
  • cie11_search(): la condición del ejemplo con vcr se movió a @examplesIf, de modo que ya no aparece en la documentación visible.
  • Viñetas de instalación (ES/EN): párrafo inicial que explica para quién es la guía (personas que trabajan con bases de datos de salud y pueden estar aprendiendo R) y quién puede saltársela.

Revisión rOpenSci — comentarios de Maëlle Salmon ms01–ms20 (2026-08-17)

Segunda tanda de correcciones de la revisión formal en el issue rOpenSci #765, a partir de los comentarios de @maelle. Cierra todos los ítems pendientes de la revisión.

  • cie11_search(): nuevo argumento api_key = get_icd_api_key() con la nueva función exportada get_icd_api_key(), que centraliza la lectura de las credenciales de la API OMS siguiendo el patrón de httr2. La ayuda gana una subsección “Seguridad de la API key” y las viñetas de instalación (ES/EN) agregan la nota correspondiente (ms17).
  • Ejemplos offline con vcr: los ejemplos de cie11_search() ahora corren sin conexión usando cassettes de vcr (>= 2.0.0, agregado a Suggests); cassette en inst/_vcr/cie11_search.yml y tests/testthat/setup-vcr.R con filter_sensitive_data (ms19).
  • Documentación bilingüe: español primero en CONTRIBUTING y README; enlaces y orden de bullets corregidos; tildes en el índice de referencia del sitio pkgdown y en mensajes de cli (ms01–ms08).
  • Viñetas: instalación solo con pak; nueva guía de inicio con caso de uso real que reemplaza a caso-uso-egresos.Rmd; nueva viñeta en inglés vignettes/ciecl-en.Rmd (ms10–ms13).
  • Sitio pkgdown: footer de _pkgdown.yml corregido según el PR #15 de la revisora (developed_by escalar) (ms09).
  • CONTRIBUTING.md: nueva sección “Declaración de asistencia con IA” (español e inglés) (ms14).
  • Mejoras de código interno: uso de anyNA(), nzchar() y variables explicativas en las funciones revisadas (ms15, ms16, ms18).
  • Tests: aserciones más específicas (expect_named(), expect_length(), expect_type(), expect_all_false()) y eliminación de ::: en la suite de tests (ms20).

Revisión rOpenSci — comentarios de yabellini ybs08–ybs36 (2026-06-23)

Tanda de correcciones a partir de la revisión formal de empaquetado de @yabellini en el issue rOpenSci #765. Sin cambios en la API pública: no se agregan ni eliminan funciones exportadas, no cambian firmas ni se rompe compatibilidad.

  • Bug de documentación (cie10_cl): la columna uso_cl estaba documentada como lógica, pero en realidad es character con las categorías "principal", "legado", "etiologico", "causa_externa" y "causa_externa | principal". Corregido el @format y el ejemplo roto subset(cie10_cl, uso_cl == TRUE), que devolvía un conjunto vacío (ybs08, ybs09).
  • cie10_empty_tibble(): se agrega la columna uso_cl al esquema del tibble vacío interno, evitando inconsistencias al concatenar resultados (ybs36).
  • Validación de parámetros obligatorios: cie_norm(), cie_validate_vector(), cie_expand(), cie_table(), cie_lookup() y cie_search() ahora emiten un error en castellano vía cli::cli_abort() cuando se las llama sin su argumento obligatorio, en lugar del mensaje en inglés de rlang/R base (ybs19, ybs22, ybs24, ybs27, ybs30).
  • cie10_sql(): validación explícita de query (tipo character, longitud 1, no NA), captura de errores de DBI::dbGetQuery() con tryCatch() relanzados como clase ciecl_sql_error, descripción y documentación de query ampliadas (FROM, ORDER BY, GROUP BY, HAVING) y @seealso [cie10_cl] (ybs12–ybs17). Terminología de los mensajes homogeneizada al castellano (consulta/palabra clave/sentencias) (ybs14).
  • Ortografía de la ayuda: se corrigen las tildes faltantes en la documentación roxygen de cie_norm(), cie_normalizar(), cie_validate_vector(), cie_expand(), cie_search(), cie_lookup(), cie_table(), cie_guide(), cie_describe() y cie11_search() (ybs18, ybs20, ybs21, ybs23, ybs29, ybs32, ybs33, ybs35). Las tildes de cie_siglas() —deprecated pero exportada— corresponden a ybs25, y las de cie_short() y cie_search() a ybs26.
  • cie10_clear_cache() / cie10_disconnect(): ayuda ampliada explicando qué es la caché SQLite, cuándo conviene forzar la reconstrucción, qué es el bloqueo del archivo .db, por qué ocurre y qué pasa si no se libera (ybs10, ybs11).
  • Mensajes en castellano consistente: en cie_short() y cie_validate_vector() el listado de valores usa el conector " y " en lugar del " and " que cli aplica por defecto al colapsar vectores; el mensaje de cie_validate_vector() reemplaza "DB" por "base de datos" y agrega la tilde de "Códigos" mediante escape unicode, según lo sugerido en la revisión (ybs14, ybs20, ybs27).
  • cie_map_comorbid(): ahora emite un cli::cli_warn() cuando alguna entrada no tiene formato CIE-10 válido (p. ej. "hola" o 35), indicando cuántas se clasificaron como "Otra". El comportamiento de clasificación no cambia: los códigos CIE-10 válidos no mapeados siguen en "Otra" (ybs34).
  • cie_guide(): se mantiene como función, se agrega un enlace cruzado desde el README hacia ella y @seealso a ella desde las ayudas de las funciones de búsqueda (ybs31).
  • Tests: nuevos casos de validación para cie10_sql() y refuerzo de las aserciones de las dos ramas “sin palabras válidas” de cie_search(), que ahora verifican que la consulta de respaldo devuelve datos reales, no solo que no falla (ybs17, ybs28).

Documentación — Correcciones revisión rOpenSci, comentarios de yabellini (2026-06-20)

Trabajo preparado originalmente el 2026-05-29, comiteado recien el 2026-06-20: quedo guardado en git stash desde el 2026-06-09 hasta su recuperacion. Sin cambios en la API publica.

  • README: fusion de las secciones “Finalidad” y “Caracteristicas” para eliminar redundancia entre ambas; se agrega mencion explicita de la correccion vectorizada de inconsistencias de formato y del publico objetivo (epidemiologos, bioestadisticos, cientificos de datos).
  • README.en.md: comentarios de los ejemplos de codigo traducidos al ingles (estaban en espanol pese a ser la version en ingles).
  • README: agregado enlace markdown a CONTRIBUTING.md (antes se mencionaba sin enlazar).
  • CONTRIBUTING.md: agregada seccion “Tipos de issue” (ES/EN) que explica las plantillas disponibles (bug/feature/question) y corrige la instruccion de usar la etiqueta question, que el usuario no puede aplicar al crear un issue; ahora remite a la plantilla Consulta. Tambien se sincronizo la politica de idioma y la regla de encoding entre las secciones EN y ES, que estaban desactualizadas entre si.

Sprint F4 — Documentación, limpieza interna y estilo (2026-06-09)

Sin cambios en la API pública.

  • cie10_cl: documentación roxygen completada — columna uso_cl documentada, descripción de dominio para las 11 columnas, tildes corregidas, @family datasets, @seealso [cie_lookup()], [cie_search()], [cie10_sql()] y ejemplos adicionales.
  • Interno: argumentos texto renombrados a text en las funciones internas normalizar_tildes() y expandir_sigla() (no exportadas, sin impacto en API).
  • Estilo: lambdas de una línea migradas a sintaxis \(x) en cie-siglas.R y cie-table.R.

Sprint F2 — Flags include_uso_cl / only_uso_cl (2026-05-20)

Expone la columna uso_cl del dataset CIE-10 MINSAL/DEIS v2018 como filtro y como salida opcional en las dos funciones de busqueda principales.

  • cie_lookup(include_uso_cl = TRUE, only_uso_cl = FALSE):
    • include_uso_cl = TRUE (default) preserva el contrato historico: la columna uso_cl sigue apareciendo en el output.
    • only_uso_cl = TRUE filtra a codigos vigentes en Chile excluyendo uso_cl == "legado".
  • cie_search(include_uso_cl = FALSE, only_uso_cl = FALSE):
    • include_uso_cl = FALSE (default) preserva el contrato historico (no incluye uso_cl en el output). Pasarlo a TRUE agrega la columna.
    • only_uso_cl = TRUE filtra el resultado a codigos vigentes (excluye legado) en cualquier field (descripcion o inclusion).
  • Semantica de uso_cl (textual, no booleano): principal (8.898), legado (27.335), causa_externa (3.295), etiologico (330), causa_externa | principal (19). only_uso_cl = TRUE conserva todo lo que NO es legado (12.542 codigos vigentes).
  • Asimetria documentada: los defaults difieren entre cie_lookup (TRUE) y cie_search (FALSE) para no romper backward compat. El roxygen de ambas funciones lo menciona explicitamente.
  • Tests: tests/testthat/test-uso-cl-flags.R cubre los 4 paths (default, include solo, only solo, ambos) en ambas funciones. +18 tests, sin regresion sobre los 1069 existentes.

Sprint F1 — Cobertura post-Bloque A (2026-05-20)

Recuperación de cobertura sobre los paths agregados en Bloque A y refactor de mocks de API CIE-11 al patrón canónico de httr2. Sin cambios de API pública.

  • Cobertura total: 94,20 % → 97,31 % (R/cie-sql.R: 81,07 → 96,60; R/cie-api.R: 90,76 → 100,00). Suite: 1069 tests (+20), 0 fails.
  • R/cie-sql.R: interactive() → rlang::is_interactive() (2 sitios) para que rlang::local_interactive(TRUE) pueda activar el path cli_progress en tests sin TTY real.
  • R/cie-api.R:
    • who_error_body() extraído del cuerpo de cie11_search() como helper interno @noRd testeable directamente. Misma lógica de extracción (error_description → error → message).
    • El warning del tryCatch externo pasa de {e$message} a {conditionMessage(e)}, propagando al usuario el detalle del body OMS cuando la API responde 4xx (antes se mostraba solo "HTTP 401 ...").
  • tests/testthat/test-api-mock.R migrado al patrón canónico:
    • local_mocked_bindings(req_perform, .package = "httr2") → httr2::local_mocked_responses(mock_who_api(...)). El flow real de httr2 corre hasta handle_resp() → resp_failure_cnd(), lo que permite verificar end-to-end el callback req_error(body = who_error_body).
    • Respuestas fake construidas con httr2::response_json() / httr2::response() en lugar de structure(list(), class = "httr2_response") (resistente a cambios internos de httr2).
    • Nuevo helper mock_who_api() que distingue por URL el endpoint OAuth de token del endpoint de búsqueda OMS.

Modernización r-lib — Bloque A (2026-05-17)

Iteración técnica sobre patrones r-lib identificados en auditoría post-revisión. Sin cambios de API pública.

  • OAuth en cie11_search() simplificado (R/cie-api.R):
    • Migración del flujo OAuth manual (POST al token endpoint, parseo JSON, header Authorization armado a mano) a httr2::oauth_client() + httr2::req_oauth_client_credentials(). httr2 ahora gestiona la obtención, cacheo y refresh del token de acceso de forma transparente.
    • Errores HTTP de la OMS se tipifican vía httr2::resp_check_status() y httr2::req_error(body = ...), exponiendo error_description / error / message del cuerpo de respuesta cuando viene en JSON.
  • Indicadores de progreso en construcción de cache (R/cie-sql.R):
    • build_cache_atomic() muestra ahora cuatro pasos vía cli::cli_progress_step() (cargar dataset, escribir tabla, construir índices, crear FTS5) durante la primera invocación (~16 s). En sesiones no interactivas se mantiene completamente silencioso.
  • Argumentos requeridos uniformados (cie-api.R, cie-search.R, cie-comorbid.R): rlang::check_required() estandariza el mensaje cuando faltan args obligatorios (text, data, id, code, codes).
  • Tests reproducibles: testthat::local_reproducible_output() en cada test_that() que usa expect_snapshot, aislando ancho de terminal, color y locale para evitar falsos positivos cross-platform.

Sprint cobertura y tooling rOpenSci (2026-05-08 / 2026-05-09)

  • Cobertura de tests subida de 86,45 % a 96,61 % mediante:
  • Workflows rOpenSci/CRAN agregados:
    • .github/workflows/pkgcheck.yaml (ropensci-review-tools/pkgcheck-action) con post-to-issue: false para evitar 403 en creación de issue.
    • .github/workflows/urlchecker.yaml con scheduled run mensual.
    • .github/workflows/codemeta.yaml regenera codemeta.json cuando cambia DESCRIPTION.
  • Badge de cobertura dinámico: README y README.en consultan endpoint JSON del workflow test-coverage.yaml en lugar de un porcentaje hardcoded.
  • Bug fix cie_search(): sigla IRA desambiguada (ver detalle más abajo). Aliases IRA_RESP e IRA_RENAL agregados.
  • Limpieza técnica menor:
    • @importFrom duplicado eliminado en cie-search.R.
    • sapply() reemplazado por vapply(..., logical(1)) en cie_table().
    • Fix de asociación roxygen rota en cie_guia_busqueda() (línea en blanco entre bloque roxygen y firma).
    • Badge rOpenSci Software Peer Review (#765) agregado a los README.

Respuesta a Revisión rOpenSci (rev-ropensci)

Versión de cumplimiento editorial y técnico tras la revisión de Maëlle Salmon. Esta versión unifica la interfaz del paquete bajo estándares internacionales de R, manteniendo la documentación pedagógica en español para el contexto local.

Correcciones funcionales

  • Sigla IRA desambiguada (cie_search()): la sigla IRA es ambigua en contexto clínico chileno (puede ser infección respiratoria aguda o insuficiencia renal aguda). Ahora cie_search("IRA") mantiene el default respiratorio (uso más frecuente en pediatría y atención primaria) pero emite una advertencia explícita orientando al usuario hacia los nuevos alias inequívocos IRA_RESP (respiratoria) e IRA_RENAL (renal). Cierra bug detectado durante auditoría de seguridad post-split.

Infraestructura de calidad de código

  • Workflow de lintr agregado en .github/workflows/lint.yaml (template oficial r-lib). Reporta lints sin bloquear el CI.
  • .lintr modernizado a sintaxis lintr 3.x (linters_with_defaults), removiendo el deprecado with_defaults y el linter inexistente cyclocomp_linter.
  • Cleanup de espacios en blanco al final de línea en 18 archivos (R/, tests/, vignettes/, NEWS, README, data-raw, tools).

Remediación r-lib y Calidad Técnica

  • Migración total a cli: Todos los errores, advertencias y mensajes informativos usan ahora cli::cli_abort(), cli_warn() y cli_inform() con clases de error personalizadas (ciecl_invalid_input, ciecl_api_error, etc.) para captura programática.
  • Modernización de Roxygen:
    • Migración masiva de @return a @returns.
    • Uso de sintaxis markdown para enlaces internos y externos ([fun()]).
    • Normalización de etiquetas @family a snake_case sin tildes.
  • Refactor de Estructura: El archivo cie-search.R se ha dividido en 4 módulos (cie-search.R, cie-siglas.R, cie-lookup.R, cie-guide.R) para mejorar la mantenibilidad.
  • Pipe Nativo: Migración de %>% al pipe nativo de R |> en todo el paquete (código, vignettes y tests).
  • Aislamiento de Tests: Implementación de withr para garantizar que las pruebas no contaminen el cache del usuario, utilizando directorios temporales aislados.
  • Snapshots de Mensajes: Uso de testthat::expect_snapshot() para asegurar la consistencia de los mensajes en español generados por el paquete.
  • Limpieza de Suggests: Removidos usethis y litedown de Suggests: por no ser referenciados en código, tests ni vignettes del paquete.

Cambios que rompen compatibilidad (Deprecaciones)

  • Internacionalización de la API: Todos los argumentos de las funciones públicas han sido migrados al inglés para consistencia con el ecosistema tidyverse (dplyr, httr2). Los argumentos antiguos en español emiten lifecycle::deprecate_warn() y serán eliminados en la versión 1.0.0.

Cambios internos

  • El script generador del dataset (generar_cie10_cl(), parsear_cie10_minsal()) se movió a data-raw/ siguiendo la convención de R packages. No afecta el uso del paquete: data(cie10_cl) sigue funcionando igual.

  • Tests del generador trasladados a sanity-check ejecutable desde data-raw/.

  • Eliminación masiva de ciecl::: en tests para favorecer devtools::load_all().

  • Motor de Normalización Único: Se establece cie_norm() como la función canónica. cie_normalize() y cie_normalizar() están ahora deprecadas.

Nuevas funcionalidades

  • cie_describe(): Nueva función vectorizada para obtener descripciones CIE-10 directamente, facilitando su uso dentro de dplyr::mutate() sin necesidad de cruces manuales.

Auditoría Técnica (Compliance)

  • API Resiliente (CIE-11): Refactorización de cie11_search() usando httr2 con mejores prácticas de consumo web:
    • Identificación clara mediante User-Agent.
    • Política de reintentos (req_retry) para fallas temporales.
    • Control de tasa (req_throttle) para respetar servidores de la OMS.
    • httr2 promovido de Suggests a Imports.
  • Robustez de Tests: Limpieza masiva de la suite de pruebas. Se eliminaron warnings de deprecación internos y se migró a withr para la gestión de variables de entorno.

Documentación y Homologación

  • Guías en Espejo: Creación de versiones en inglés de todas las guías de usuario (Case Study, Installation Guide) para consistencia en el sitio pkgdown.
  • README paramétrico: Unificación de README.Rmd para generar versiones sincronizadas en español e inglés. El README principal es ahora en español.
  • Narrativa Profesional: Redacción mejorada en todas las vignettes, eliminando tonos informales por un lenguaje técnico de ingeniería de datos.

English Summary

Test Suite Overhaul (2026-09-06)

Complete restructuring of the test suite, in the context of rOpenSci review #765. No changes to R/ or the public API.

  • 457 → 372 tests while coverage rose from 97.72% to 98.62%: zero R/ lines lost, verified line by line with covr at each phase.
  • No real HTTP in the suite: WHO ICD-11 API tests now use httr2 mocks; the single live-network test is gated by skip_on_cran() + skip_if_offline() + API credentials.
  • Isolated cache tests: tests that used to operate on the user’s real cache now run in temporary directories via CIECL_CACHE_DIR + withr; cache lifecycle tests live in test-cie-sql-cache.R.
  • Hardened assertions: weak expectations (expect_gte(), generic counts) replaced with exact values empirically verified against the comorbidity package; duplicate and redundant end-to-end flows removed; one snapshot per error message.
  • “CRAN canary” policy: documented in tests/testthat/setup.R; each key test file keeps at least one lightweight test that also runs on CRAN (no network, no optional packages, writes only to tempdir).
  • New test-cie-map-comorbid.R file holding the cie_map_comorbid() tests, split out of test-cie-comorbid.R (now under the 600-line limit).

rOpenSci Review Follow-up (2026-08-27)

  • Getting-started guide improved: plain-language mutate() wording, an executable intersect() step showing where E11.9/E14.9 come from, and a closing section that filters and summarizes discharges by diabetes type. The English twin case-study-discharges.Rmd is now in sync with ciecl.Rmd.
  • SQLite cache: cie10_clear_cache() docs now state that rebuilding after a package update is automatic (cache stores the package version in cie10_meta and rebuilds on first use when it differs); cie10_disconnect() docs clarify when manual disconnection is actually needed. Three new tests cover the version-based rebuild cycle.
  • cie11_search(): the vcr example guard moved to @examplesIf, so it no longer shows in the visible documentation.
  • Installation vignettes (ES/EN): opening paragraph explaining who the guide is for and who can skip it.

rOpenSci Review Response

Comprehensive update focused on API consistency and technical compliance following rOpenSci peer review.

  • Breaking Changes (Deprecations): Full API migration to English arguments (e.g., code, expand, normalize, text) using the lifecycle package. Old Spanish arguments remain functional but emit warnings.
  • Streamlined Normalization: cie_norm() is now the single canonical normalization motor.
  • New Function: Added cie_describe() for direct, vectorized description lookup within mutate() calls.
  • Technical Compliance:
    • cie11_search() now uses httr2 with User-Agent, retry, and throttle policies.
    • httr2 promoted to Imports.
    • Test suite cleaned of deprecation noise and updated to use withr.
  • Documentation: Mirror versions of user guides provided in both English and Spanish. pkgdown site navigation localized to Spanish.

ciecl 0.9.6 (2026-04-04)

CRAN release: 2026-04-19

English summary below

Preparacion rOpenSci

Version candidata para submission a rOpenSci. Cumple con rOpenSci Dev Guide 2025 (Capitulos 1, 5, 6, 20). R CMD check: 0 errors, 0 warnings. Tests: 1148 PASS, 95.6% cobertura.

Nuevas funcionalidades

  • Connection pooling SQLite: Cache atomico con versionado en get_cie10_db(). Reutiliza conexiones activas, reconstruye si la BD esta corrupta o desactualizada.

  • Vectorizacion mejorada: cie_map_comorbid() y cie_normalizar() refactorizados para procesamiento batch eficiente.

  • pkgdown site: Tema limpio compatible con rOpenSci, modo oscuro (light-switch), logo hexagonal, favicons.

  • Vignette caso de uso: caso-uso-egresos con datos simulados de egresos hospitalarios usando columnas esenciales DEIS.

Documentacion y comunidad

  • CONTRIBUTING.md y CODE_OF_CONDUCT.md bilingues (ingles + espanol)
  • SECURITY.md bilingue
  • PR template para rOpenSci
  • @family y @seealso en todas las funciones exportadas
  • Documentacion English-first con traducciones completas

CI/CD

  • GitHub Actions R-CMD-check multiplataforma (Windows, macOS, Ubuntu)
  • Workflow de test coverage
  • pkgdown deployment automatico desde main
  • R-hub workflow

Seguridad

  • FTS5 parametros sanitizados contra inyeccion SQL
  • Stripeo de comentarios SQL
  • Validacion estricta de inputs en funciones publicas

Fixes

  • Estandarizar pipes a %>% (magrittr) en todo el paquete
  • Corregir sintaxis invalida en .gitignore
  • Sincronizar codemeta.json con DESCRIPTION
  • _pkgdown.yml lang alineado con contenido (es)
  • Eliminar inst/extdata/cie10.db bundled (causaba NOTE de 21.3MB)
  • Compatibilidad multiplataforma: rutas absolutas, encoding, line endings
  • Logo hexagonal actualizado a version G16

Heredado de v0.9.3

  • Breaking: generar_cie10_cl() ya no exportada (marcada @noRd)
  • comorbidity y gt movidos de Imports a Suggests
  • Mensajes de BD solo en sesiones interactivas (if (interactive()))
  • generar_cie10_cl(): prioriza XLSX completo (39K+) sobre XLS legado
  • cie_guia_busqueda(): corregida referencia a funcion inexistente

English Summary

rOpenSci Preparation

Release candidate for rOpenSci submission. Complies with rOpenSci Dev Guide 2025 (Chapters 1, 5, 6, 20). R CMD check: 0 errors, 0 warnings. Tests: 1148 PASS, 95.6% coverage.

  • SQLite connection pooling with atomic versioned cache
  • Vectorized cie_map_comorbid() and cie_normalizar()
  • pkgdown site with dark mode, hex logo, favicons
  • Hospital discharge vignette with simulated DEIS data
  • Bilingual community files (CONTRIBUTING, CODE_OF_CONDUCT, SECURITY)
  • Multi-platform CI/CD (Windows, macOS, Ubuntu)
  • FTS5 SQL injection protection
  • Pipe standardization (%>%), gitignore fixes, codemeta sync